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--- apr:journees:ete2024 [2024/05/17 15:41]
mine [Résumés]
+++ apr:journees:ete2024 [2024/05/28 22:44] (current)
mine [Résumés]
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 ==== Adresse ====
+Amphi S3 045\\
+Bâtiement Sciences 3\\
+[[https://www.unicaen.fr/universite/decouvrir/territoire/caen/campus-2/|Campus 2]]\\
 Université de Caen Normandie\\
-[[https://www.unicaen.fr/universite/decouvrir/territoire/caen/campus-2/|Campus 2]]\\
 Côte de nacre\\
 Boulevard Maréchal Juin\\
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 Tram ligne T2, arrêt Campus 2\\
-[[https://www.openstreetmap.org/way/5004305|Carte OpenStreetMap]]\\
+[[https://www.openstreetmap.org/way/5004305|Position du campus]]\\
+[[https://www.openstreetmap.org/way/155629634|Bâtiment Sciences 3]]\\
 ==== Programme préliminaire ====
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   * Jeudi 30 mai 2024
     * Arrivée en train suggérée à 12:03 en gare de Caen
-    * **13:00-14:30**: Déjeuner
+    * **13:00-14:30**: Déjeuner au [[https://www.openstreetmap.org/way/1285890069|CROUS]]
-    * **14:30-16:00**: 1ère session, 3 exposés
+    * **14:30-16:00**: Session exposés 1
+      * //Static Value Analysis by Abstract Interpretation for Functional Languages.//  Milla Valnet (APR, SU)
+      * //Under-approximating Abstract Interpretation.// Marco Milanese (APR, SU)
+      * //Analyse théorique de l'algorithme git bisect.// Julien Courtiel (GREYC, Université de Caen)
     * **16:00-16:30**: Pause
-    * **16:30-18:00**: 2ème session, 3 exposés
+    * **16:30-18:00**: Session exposés 2
-    * **soir**: dîner
+      * //TTK is Getting MPI-Ready.// Ève Le Guillou (APR, SU)
+      * //Wasserstein Dictionaries of Persistence Diagrams.// Keanu Sisouk (APR, SU)
+      * //Wasserstein Auto-Encoders of Merge Trees (and Persistence Diagrams).// Mathieu Pont (APR, SU)
+    * **19:30**: dîner à [[https://laromate-caen.fr/|l'Aromate]]
   * Vendredi 31 mai 2024
-    * **09:00-10:30**: 3ème session, 3 exposés
+    * **09:00-10:30**: Session exposés 3
-    * **10:30-11:00**: Pause
+      * //Unranking des ZDD: Le premier algorithme d’unranking efficace basé sur le principe d’inclusion-exclusion.// Amaury Curiel (APR, SU)
-    * **11:00-12:30**: 4ème session, exposés, discussion sur l'enseignement
+      * //Fouille de graphes, application à la chémoinformatique.// Jean-Luc Lamotte (GREYC, Université de Caen)
-    * **12:30-14:00**: Déjeuner
+      * //Programmation FPGA de bas en haut et vice-versa.// Loïc Sylvestre (APR, SU)
+    * **10:30-11:00**: Pause
+    * **11:00-11:30**: Session exposés 4
+      * //Modular Counting of Linear Extensions.// Matthieu Dien (GREYC, Université de Caen)
+    * **11:30-12:30**: Session enseignement
+    * **12:30-14:00**: Déjeuner au [[https://www.openstreetmap.org/way/1285890069|CROUS]]
     * **14:00-15:00**: Réunion APR
     * Départ suggéré par le train de 15:56 en gare de Caen
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 ==== Résumés ====
+**Analyse théorique de l'algorithme git bisect**\\
+Julien Courtiel (GREYC, Université de Caen)
+Dans le royaume des logiciels de gestion de versions, git
+est sûrement celui qui est assis sur le trône. Ce logiciel libre et
+populaire dispose de nombreuses fonctionnalités très intéressantes
+dont notamment une, peut-être plus méconnue, qui s'appelle git bisect.
+Il s'agit d'un algorithme qui permet de débusquer l'origine d'un bug
+qui s'est introduit dans un projet.
+L'ensemble des historiques d'un projet formant naturellement un graphe
+(plus précisément un DAG), git bisect peut tout simplement se voir
+comme un algorithme de graphes résolvant un problème connu pour être
+NP-complet. Toutefois, il est surprenant de voir qu'aucune étude
+théorique de sa complexité n'a été menée. Paul Dorbec, Romain Lecoq et
+moi-même, tous trois de l'Université de Caen Normandie, proposons de
+rectifier cela et vérifier les bonnes performances théoriques (ou non)
+de git bisect. Il s'agit de travaux en cours.
+Cet exposé présentera ainsi les faiblesses et les forces de git
+bisect. Tout d'abord, nous donnerons la forme des graphes pour
+lesquels la stratégie de git bisect est totalement catastrophique.
+Ensuite, nous montrerons que pour une certaine classe de graphes qui
+est représentative des graphes "issus de la vie réelle", git bisect
+est en fait une bonne approximation de la stratégie optimale. Enfin,
+nous nous interrogerons sur l'existence d'un meilleur algorithme.
+----
 **Unranking des ZDD: Le premier algorithme d’unranking efficace basé sur le principe d’inclusion-exclusion**\\
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 This algorithm has a better parametrized complexity than the state of the art.
 Moreover, this approach leads us to consider a new parameter of posets (the BIT-width) with two corresponding conjectures.
+----
+**Fouille de graphes, application à la chémoinformatique**\\
+Jean-Luc Lamotte (GREYC, Université de Caen)
+Cet exposé présente les travaux menés au sein du groupe de
+chémoinformatique composé d'informaticiens du laboratoire GREYC et de
+chimistes thérapeutiques du laboratoire CERMN. La collaboration se
+concentre sur la conception de méthodes computationnelles pour
+identifier des (sous-)structures chimiques d'intérêt (pour l'activité,
+la toxicité ...) dans les premières étapes de la découverte de
+médicaments. Pour ce faire, nous nous appuyons sur des données de
+bioactivité stockées dans des bases de données chimiques publiques
+telles que ChEMBL ou des données internes (chimiothèque du CERMN).
+Nous disposons d'informations concernant l'affinité des ligands pour
+les cibles (un ligand est une molécule qui se lie à une cible).
+À partir de ces premières informations, nous calculons des
+associations statistiques mettant en évidence les (sous-)structures
+chimiques dont la présence semble influencer l'interaction d'une
+molécule avec la (les) cible(s) d'intérêt.
+Notre travail est centré sur les caractéristiques pharmacophoriques
+des molécules. Ces caractéristiques correspondent à des fonctions
+chimiques importantes dans les interactions entre les ligands et les
+cibles.  Toutes les méthodes sont basées sur une représentation des
+molécules sous la forme de graphes de caractéristiques
+pharmacophoriques et sur de la fouille de données de sous-graphes
+appelés pharmacophores.
+L'exposé présentera l'approche spécifique du groupe de
+chémoinformatique et les résultats obtenus.
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+**Wasserstein Auto-Encoders of Merge Trees (and Persistence Diagrams)**\\
+Mathieu Pont (APR, SU)
+This paper presents a computational framework for the Wasserstein auto-encoding of merge trees (MT-WAE), a novel extension of the classical auto-encoder neural network architecture to the Wasserstein metric space of merge trees. In contrast to traditional auto-encoders which operate on vectorized data, our formulation explicitly manipulates merge trees on their associated metric space at each layer of the network, resulting in superior accuracy and interpretability. Our novel neural network approach can be interpreted as a non-linear generalization of previous linear attempts [79] at merge tree encoding. It also trivially extends to persistence diagrams. Extensive experiments on public ensembles demonstrate the efficiency of our algorithms, with MT-WAE computations in the orders of minutes on average. We show the utility of our contributions in two applications adapted from previous work on merge tree encoding [79]. First, we apply MT-WAE to merge tree compression, by concisely representing them with their coordinates in the final layer of our auto-encoder. Second, we document an application to dimensionality reduction, by exploiting the latent space of our auto-encoder, for the visual analysis of ensemble data. We illustrate the versatility of our framework by introducing two penalty terms, to help preserve in the latent space both the Wasserstein distances between merge trees, as well as their clusters. In both applications, quantitative experiments assess the relevance of our framework. Finally, we provide a C++ implementation that can be used for reproducibility.
+----
+**Wasserstein Dictionaries of Persistence Diagrams**\\
+Keanu Sisouk (APR, SU)
+We introduce a multi-scale gradient descent approach for the efficient resolution of the corresponding minimization problem, which interleaves the optimization of the barycenter weights with the optimization of the atom diagrams. Our approach leverages the analytic expressions for the gradient of both sub-problems to ensure fast iterations and it additionally exploits shared-memory parallelism. Extensive experiments on public ensembles demonstrate the efficiency of our approach, with Wasserstein dictionary computations in the orders of minutes for the largest examples. We show the utility of our contributions in two applications. First, we apply Wassserstein dictionaries to data reduction and reliably compress persistence diagrams by concisely representing them with their weights in the dictionary. Second, we present a dimensionality reduction framework based on a Wasserstein dictionary defined with a small number of atoms  and encode the dictionary as a low dimensional simplex embedded in a visual space.
+----
+**Programmation FPGA de bas en haut et vice-versa**\\
+Loïc Sylvestre (APR, SU)
+Les circuits reconfigurables FPGA sont classiquement décrits
+dans des langages synchrones flot de données, tels que VHDL.
+Ces langages permettent d'interagir directement avec le monde
+extérieur (capteurs, actionneurs), d'une façon intrinsèquement
+parallèle et déterministe, en se synchronisant sur une horloge
+globale. La programmation de FPGA dans ces langages est toutefois
+difficile, car de très bas niveau.
+Pour y remédier, je montrerai comment encoder des constructions
+de programmation (fonctions, barrières de synchronisation,
+mémoire partagée), dressant ainsi les bases d'un schéma de
+compilation pour un langage généraliste parallèle sur une cible FPGA.
+Ce présente alors un dilemme : comment garder un contrôle fin,
+de bas-niveau, sur le comportement temporel des applications généralistes ?
+C'est un point important pour l'interaction avec le monde
+extérieur, pour prédire les performances et pour offrir à la fois du
+parallélisme de tâches et de la mémoire partagée (en lecture et en écriture)
+de façon sûre.
+La solution que je propose consiste à donner, à un langage généraliste,
+une sémantique synchrone guidée par la cible FPGA. Il s'agit alors
+de définir un nouveau schéma de compilation pour que l'horloge du modèle
+synchrone du langage corresponde à l'horloge globale de la cible FPGA.
+Le modèle de programmation résultant semble bien adapté
+pour la conception de systèmes embarqués réactifs,
+la programmation d'applications parallèles avec mémoire partagée,
+et l'implantation matérielle de langages de programmation existants.
+----
+**Static Value Analysis by Abstract Interpretation for Functional Languages**\\
+Milla Valnet (APR, SU)
+To prevent programming errors, static analysers have been developed for many languages; here we will focus on functional languages. Verification tools for these languages exist, such as classical type systems or deductive methods, but automatic reasoning on numerical programs has been little explored. In this presentation, I will present my work on value analysis by abstract interpretation of functional languages, a safe and automatic approach to prevent errors at runtime.
+Our first results, based on relational abstract domains and summaries of recursive fields in algebraic types, allow us to analyse first-order recursive functions manipulating recursive algebraic types, and to infer in an abstract domain their input-output relation. These methods have been successfully implemented on the MOPSA multilanguage analysis platform for the OCaml language.
+Our current research aims to retain this compositionality for the analysis of higher-order functions, in order to obtain a precise input-output relationship from their point of definition. I will present our ideas, currently experimentally evaluated.
+----

Team APR

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