apr:journees:ete2024
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apr:journees:ete2024 [2024/05/28 22:41] mine [Programme préliminaire] |
apr:journees:ete2024 [2024/05/28 22:44] (current) mine [Résumés] |
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| * //Static Value Analysis by Abstract Interpretation for Functional Languages.// Milla Valnet (APR, SU) | * //Static Value Analysis by Abstract Interpretation for Functional Languages.// Milla Valnet (APR, SU) | ||
| * //Under-approximating Abstract Interpretation.// Marco Milanese (APR, SU) | * //Under-approximating Abstract Interpretation.// Marco Milanese (APR, SU) | ||
| - | * //Analyse théorique de l'algorithme git bisect.// Julien Courtiel (GREYC, Université de Caen)0 | + | * //Analyse théorique de l'algorithme git bisect.// Julien Courtiel (GREYC, Université de Caen) |
| * **16:00-16:30**: Pause | * **16:00-16:30**: Pause | ||
| * **16:30-18:00**: Session exposés 2 | * **16:30-18:00**: Session exposés 2 | ||
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| ==== Résumés ==== | ==== Résumés ==== | ||
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| + | **Analyse théorique de l'algorithme git bisect**\\ | ||
| + | Julien Courtiel (GREYC, Université de Caen) | ||
| + | |||
| + | Dans le royaume des logiciels de gestion de versions, git | ||
| + | est sûrement celui qui est assis sur le trône. Ce logiciel libre et | ||
| + | populaire dispose de nombreuses fonctionnalités très intéressantes | ||
| + | dont notamment une, peut-être plus méconnue, qui s'appelle git bisect. | ||
| + | Il s'agit d'un algorithme qui permet de débusquer l'origine d'un bug | ||
| + | qui s'est introduit dans un projet. | ||
| + | |||
| + | L'ensemble des historiques d'un projet formant naturellement un graphe | ||
| + | (plus précisément un DAG), git bisect peut tout simplement se voir | ||
| + | comme un algorithme de graphes résolvant un problème connu pour être | ||
| + | NP-complet. Toutefois, il est surprenant de voir qu'aucune étude | ||
| + | théorique de sa complexité n'a été menée. Paul Dorbec, Romain Lecoq et | ||
| + | moi-même, tous trois de l'Université de Caen Normandie, proposons de | ||
| + | rectifier cela et vérifier les bonnes performances théoriques (ou non) | ||
| + | de git bisect. Il s'agit de travaux en cours. | ||
| + | |||
| + | Cet exposé présentera ainsi les faiblesses et les forces de git | ||
| + | bisect. Tout d'abord, nous donnerons la forme des graphes pour | ||
| + | lesquels la stratégie de git bisect est totalement catastrophique. | ||
| + | Ensuite, nous montrerons que pour une certaine classe de graphes qui | ||
| + | est représentative des graphes "issus de la vie réelle", git bisect | ||
| + | est en fait une bonne approximation de la stratégie optimale. Enfin, | ||
| + | nous nous interrogerons sur l'existence d'un meilleur algorithme. | ||
| + | |||
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| + | |||
| **Unranking des ZDD: Le premier algorithme d’unranking efficace basé sur le principe d’inclusion-exclusion**\\ | **Unranking des ZDD: Le premier algorithme d’unranking efficace basé sur le principe d’inclusion-exclusion**\\ | ||
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| This algorithm has a better parametrized complexity than the state of the art. | This algorithm has a better parametrized complexity than the state of the art. | ||
| Moreover, this approach leads us to consider a new parameter of posets (the BIT-width) with two corresponding conjectures. | Moreover, this approach leads us to consider a new parameter of posets (the BIT-width) with two corresponding conjectures. | ||
| + | |||
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| + | **Fouille de graphes, application à la chémoinformatique**\\ | ||
| + | Jean-Luc Lamotte (GREYC, Université de Caen) | ||
| + | |||
| + | Cet exposé présente les travaux menés au sein du groupe de | ||
| + | chémoinformatique composé d'informaticiens du laboratoire GREYC et de | ||
| + | chimistes thérapeutiques du laboratoire CERMN. La collaboration se | ||
| + | concentre sur la conception de méthodes computationnelles pour | ||
| + | identifier des (sous-)structures chimiques d'intérêt (pour l'activité, | ||
| + | la toxicité ...) dans les premières étapes de la découverte de | ||
| + | médicaments. Pour ce faire, nous nous appuyons sur des données de | ||
| + | bioactivité stockées dans des bases de données chimiques publiques | ||
| + | telles que ChEMBL ou des données internes (chimiothèque du CERMN). | ||
| + | Nous disposons d'informations concernant l'affinité des ligands pour | ||
| + | les cibles (un ligand est une molécule qui se lie à une cible). | ||
| + | À partir de ces premières informations, nous calculons des | ||
| + | associations statistiques mettant en évidence les (sous-)structures | ||
| + | chimiques dont la présence semble influencer l'interaction d'une | ||
| + | molécule avec la (les) cible(s) d'intérêt. | ||
| + | |||
| + | Notre travail est centré sur les caractéristiques pharmacophoriques | ||
| + | des molécules. Ces caractéristiques correspondent à des fonctions | ||
| + | chimiques importantes dans les interactions entre les ligands et les | ||
| + | cibles. Toutes les méthodes sont basées sur une représentation des | ||
| + | molécules sous la forme de graphes de caractéristiques | ||
| + | pharmacophoriques et sur de la fouille de données de sous-graphes | ||
| + | appelés pharmacophores. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | L'exposé présentera l'approche spécifique du groupe de | ||
| + | chémoinformatique et les résultats obtenus. | ||
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apr/journees/ete2024.1716928908.txt.gz · Last modified: 2024/05/28 22:41 by mine
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